В ходе проверки межтерриториальных расчетов было выявлено, что фондом несвоевременно принимаются меры по погашению другими фондами задолженности за пролеченных граждан, застрахованных на подведомственной территории.
Выявлено также, что Фонд не в полном объеме выполняет функции по осуществлению контроля за работой страховых организаций и медучреждений.